一、国库集中支付过程中存在的问题
(一)预算编制不详细，达不到国库集中支付的要求。
按照国库管理制度改革的要求，财政部门对预算单位的支付依据是同级人民代表大会通过的预算，预算单位根据财政部门批复的预算编制用款计划。但在实际工作中，存在部门预算没有完全编制到单位，没有细化到最低层预算科目，对支出类型、经费类型也没有明确划分。此外，年初下达单位的预算指标文件是按照目级科目大类划分的，造成单位在编制用款计划时不能按照类款项来区分目级科目。
(二)预算外资金没有实行预算编制。在支出时只能是根据收入情况按比例核定支出，不能了解单位的支出用途。
(三)专项资金支付不明确。专项资金是指有特定专门用途的资金，资金分配和指标下达到项目管理单位，没有注明最终的收款人或项目实施单位，支付时只凭项目管理单位提交的支付申请拨付，中途是否改变了资金用途或特定收款人无法监管。
(四)实行国库集中支付制度后，部门的财政预算资金将不再全部通过部门本级拨付，而是由国库采取授权支付方式拨到用钱的预算单位，这样仅仅通过对部门本级的审计就无法看到部门全系统的全部收入和支出状况，必须跟着财政预算资金去向扩大审计的覆盖面才能掌握部门系统财政预算资金管理使用的全貌。同时，部门当年可动用财政资金也不仅是当年财政部批复和追加预算的总和，还要包括上年的预算指标结余;部门的年末结余也不再是总预算会计制度概念下的“以拨作支”后的结余，年末的预算指标结余不仅反映了部门本级的预算指标结余，同时也包括部门全系统所属预算单位的预算指标结余。这也给审计在反映部门当年收入、支出和结余状况时带来了一定的难度。
(五)存在问题向下级单位转移的现象。实行国库集中支付后，部门的财政资金被管得更“死”了，问题资金将会向下级单位转移，及其更加隐蔽。
(六)单位沉淀现金比较明显。根据单位授权支付业务情况看，对于批复的用款计划大多都是一次性使用完毕，或在限定的额度内一天分多次把额度使用完，并且提取现金的现象比较严重。授权支付中使用现金支票达到了95%以上。由于单位银行账户不能存放资金，现金存放在会计手中隐藏了很大的风险。
二、审计对策
(一)重点检查部门预算编制与执行的科学性和严肃性。国库集中支付制度的成功推行要依赖完善的部门预算体系，因此应加强对预算编制的审计，审查纳入部门预算编制的收支内容是否真实，是否存在随意虚增虚列的行为。监督是否按预算管理要求认真编报部门预算，对部门预算编制的科学性、真实性进行审查和评价，看有无编制虚假预算、扩大开支范围、搞“人情”预算的问题;有否及时编制用款计划，提出资金使用申请和提供有关申请凭据，并保证凭证的真实性、合法性等问题。
(二)重点对预算外资金专户收支情况进行审查。重点审查财政部门是否按照国家规定时间和期限将收取的应纳入预算管理的非税收入集中缴入国库，是否存在将应上缴的非税收入在往来科目中作为暂存款挂账的问题，或者挪用非税收入，自行改变非税收入用途用于本单位支出，或转移至所属单位或外单位核算，用于其他支出。
(三)重点对部门非税收入执行情况进行审查。实行国库集中支付制度改革以后，财政部门存在重支出预算管理，轻收入预算管理的情况。因此，应把非税收入执行情况列为审计重点，审计时可查阅非税收入收缴的依据、收取标准以及与非税收入业务有关的财务收支、款项缴拨符合相关法律、法规、规章和其他规范性文件的规定。审计人员可以通过检查和核对收费票据、原始凭证、记账凭证、会计账薄、会计报表等来证实非税收入收缴业务是否存在遗漏或省略。
(四)重点对资金拨付和支出业务进行跟踪审查。监督其是否严格按照财政部门确定的直接支付和授权支付的资金划分范围，安排、使用财政性资金，是否认真组织管理好本单位的项目经费及使用进度，并及时上报财政部门;是否按照财政部门要求，及时提供有关资金支付的凭证资料，变更、撤销银行账户时有否报经财政部门的批准，是否切实做好相关的财务管理和会计核算工作。此外，对历年结余资金规模进行差异分析，是检查预算单位是否进行正常资金支付的重要切入点，对支出预算审计时，要沿着财政资金的走向，对财政资金使用情况进行跟踪审计。
(五)加大延伸审计力度。实行国库集中支付后，各预算单位虽然不再拥有真正货币资金，但是部分单位仍然控制着一些专款的分配权。在专款分配尚未规范的情况下，极易为下沉的经费寻求场所。因此，审计时应加大对关联单位、商品及劳务的提供方和下属单位的延伸，通过延伸审计来核实预算单位财政收支是否真实、合法。
